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药学系目前拥有无机化学、分析化学、有机化学、微生物基础等7个校内基础实验室，拥有仿真模拟药店、GMP仿真实训车间、药品检测中心、制药实训基地等5个校内仿真实训基地，拥有学院医务室药房、仁和实习药店、山西太原晋阳制药厂等3个校内生产性实训基地和山西荣华大药房连锁有限公司、山西一心堂大药房有限公司、山西国大万民药房连锁有限公司、山西省食品药品检验所等9家深度合作的校外实习基地。另外还建有一个拥有GSP模拟软件、大型分析仪器仿真软件、小型药理解剖仿真软件等的虚拟仿真实训室。